El zoológico fue fundado en 1942 por Elíseo Palacios para el estudio y la conservación de la fauna regional.
Desde 1980 se ubica en el Zapotal, una zona cubierta de selva mediana compuesta por árboles de chicozapote, zapote colorado, zapote negro, ámate, jocotillo, cedro y baqueta, entre otras especies, Este ambiente propicia un hábitat cercano al original para los animales que allí vive. El recorrido se realiza por un sendero de 2.5km que lleva a conocerá los animales es sus encierros e incluye sólo ejemplares de la fauna regional: jabalíes, grisones, quetzal, venado cabrito,  tejones, hocofaisanes, pavo ocelado, jaguar, tapir, felinos diversos, jaguar negro, pavón (símbolo de este zoológico pues es una ave que solo habita en Chiapas y se halla en peligro de extinción), viejo de monte, sensos, nutria, pajareras (tucanes, guacamayas, y otras aves), herpetario (reptiles vivos), hormiguero arbirícola, aves acuáticas, aves rapases, guaqueques, venado de campo, coyote, monos araña y saraguatos, mapaches y zorras, tortugas, vivario, (arañas e insectos), casa nocturna (aloja ejemplares vivos de especies de hábitos nocturnos), avario, aves limnícolas y cocodrilos.

El Zoomat cuenta también con aula audiovisuales, librería, área de orientación ecológica, refresquerías y zonas de comedores para días de campo. Abarca 139 ha y lleva su nombre en honor de quien ha sido su director desde 1944 y se le deben importantes estudios sobre la fauna chiapaneca.